药学院是菏泽学院具有鲜明办学特色和学科优势明显的学院之一。学院设有药学系和动物药学系两个教学系，药理学、药剂学、药物化学、药物分析、生药学、动物医学、动物药学、制药工程、学生通识教育等9个教研室，拥有生物制药、药学、制药工程、动物医学、动物科学5个本科专业，药品生产技术、药品质量与安全、畜牧兽医3个专科专业，在校生1500余人。
学院现有教师71人，其中教授4人、校外兼职教授17人，副教授18人，博士35人，在读博士2人，硕士34人，重点学科带头人2人，中青年学术骨干3人，菏泽市优秀教师1人，校级教学名师2人，校级师德标兵3人，2人入选学校5136人才工程。省级一流课程1门，校级精品课程2门，校级优质课程2门，校级一流课程3门，校级思政示范课程15门。生物制药专业所在化学化工专业群、生物工程专业群被评为山东省高水平应用性建设项目，药物科学研究中心是学校十大学科平台第一梯队，微生物与生化药学为学校重点学科。
药学院加强实验室建设，不断改善实验条件，现有生药实验室、药物分析实验室、发酵工程实验室、分离工程实验室和反应工程实验室等10个基础教学实验室。生理生化及应用实验室为“十三五”山东省高校重点实验室。拥有山东省特色实验室“药食同源类中药功能因子的筛选与评价特色实验室”和山东省工程研究中心“中药现代研究工程研究中心”；拥有菏泽市重点实验室3个：“菏泽市青山羊良种繁育工程重点实验室”、“菏泽市天然化合物靶向抗肿瘤活性研究重点实验室”、“菏泽市禽免疫抑制病防控重点实验室”；校级重点实验室“新兽药工程重点实验室”。近3年来，我院共购进仪器设备900余万元，主要有高效液相-质谱联用仪、高效液相色谱仪、气相色谱仪、荧光倒置显微镜、荧光定量PCR、红外分光光度计、电化学工作站、薄层色谱扫描仪等，建有细胞培养间、动物房等。
2020年11月，菏泽学院药物研究院成立，研究院紧密对接菏泽市“231”特色产业体系中的生物医药产业，以提高菏泽生物医药核心竞争力为己任，促进菏泽生物医药产业发展为目标，以创新药物研发为主要方向，以出成果出人才并重的建设方针，积极争创国家一流专业和一流学科，联合山东睿鹰集团股份有限公司等菏泽市生物医药科研团队，形成菏泽学院创新药物研究的整体合力。2021年12月，药学院和山东大树集团共同建立山东大健康研究院，以药食同源类中药保健品研究为中心，充分发挥研究院连接大学和企业的桥梁作用，利用菏泽学院的人才优势和大树集团的产业化能力，实行人才双向兼职、人才与仪器设备共享、相互促进共同发展的模式，加速“政-产-学-研”一体化，推动菏泽市生物医药和大健康产业的发展。2022年9月，药学院与山东睿鹰制药集团有限公司、山东大树达孚特膳食品有限公司、山东鲁西药业有限公司、山东方明药业集团股份有限公司、菏泽富达生物科技有限公司5家菏泽本地知名医药企业共同成立睿鹰生物医药产业学院，发挥各自优势，引入优质资源，努力打造特色鲜明的高水平医药学科专业群，共同培养高素质应用型人才，打造高校产教融合示范区，实现教育链、创新链、产业链的深度融合。
近5年来，我院教师先后承担国家自然科学基金、国家重点研发项目、山东省重点研发项目、山东省自然科学基金、山东省高等学校科技计划、菏泽市科技攻关计划等厅局以上科研项目30余项，承担教育部协同育人项目、山东省教学改革项目、菏泽学院教学改革项目等教学项目20余项。先后获得校级及以上教学成果奖5项，在国内外学术期刊发表科研论文250余篇，被SCI收录30余篇，申请国家专利10余项，出版专著、教材等6部。
加强实习基地建设与学生的就业指导工作，先后与山东睿鹰股份有限公司、鲁南制药集团股份有限公司、辰欣药业股份有限公司、新希望六和股份有限公司、山东赛托生物科技股份有限公司、山东方明制药有限公司等单位建立了实习与就业的稳定合作关系。实现校地合作协同育人，强化应用型人才培养。多年来，毕业生考研率在40%以上，专升本录取率85%以上，一次性签订就业意向达100%，就业率在95%以上。
我院先后多次获得师德建设先进单位、平安校园建设先进单位、优秀基层党组织、红旗团总支、优秀基层团组织、省级暑期大学生三下乡优秀团队、大学生艺术文化节优秀组织单位、田径运动会优秀组织奖及道德风尚奖、工会工作及宣传工作先进单位、就业工作先进单位等荣誉称号。
未来，我院将以创新的学术理念和开放的办学思路，积极搭建更好的教学科研平台，组建更优秀的学术团队，营造更浓厚的学术氛围，致力于学术发展和人才培养，积极服务国家和地方经济发展与社会进步。秉承“修德、笃学、求是、创新”的校训，在新的征途上，抢抓机遇，坚持走内涵发展、质量发展、特色发展道路，为菏泽学院的蓬勃发展做出更大贡献！
