药学院现有教职工39名，其中教授2人、副教授9人，博士研究生11人，硕士研究生26人，重点学科带头人2人，中青年学术骨干3人。设有生物制药、制药工程、动物科学、动物医学4个本科专业和药品生产技术、药品质量与安全、畜牧兽医3个专科专业。“基础兽医学”被评为菏泽学院第一、二批重点学科，基础兽医教学团队被评为校级优秀教学团队。成立的药物科学研究中心是学校十大学科平台之一：设微生物与生化药学重点学科，病原微生物生物学及新药防治研究——十三五重点实验室，动物免疫抑制研究创新团队，生物药品研究所。化学化工专业群、生物工程专业群被评为山东省高水平应用性建设项目。近年来，学生规模日渐扩大，目前全日制在校生已达到700余人。
药学院加强实验室建设，不断改善实验条件。5年来，我院共购进仪器设备400余万元。2011年获中央财政支持项目投资250万元建设制药工程实训中心；2014年获批200万元建设山东省骨干学科实验室项目。生理生化及应用实验室为“十三五”山东省高校重点实验室。
5年间，我院教师在国家中文核心期刊发表科研论文250余篇，被SCI收录10篇。先后承担国家自然科学基金、山东省自然科学基金、国家公益性行业（农业）科研专项、山东省自主创新成果转化重大专项、山东省农业良种工程、山东省高等学校科技计划、菏泽市科技攻关计划、菏泽学院基金和菏泽学院博士基金等科研项目23项，到位科研经费达200余万元。
加强实习基地建设与学生的就业指导，先后与山东鲁抗舍里乐有限公司、山东方明制药有限公司、山东华信制药有限公司、菏泽普恩药业有限公司、菏泽步步赢制药有限公司、济南振牧宠物医院、菏泽市食品药品监察院、菏泽市种羊场等单位建立了实习与就业的稳定合作关系。多年来，毕业生考研率在40%以上，一次性签订就业意向达100%，就业率在98%以上。
